元本の説明がちょっと分かりづらいと感じたので、追記も含めてやってみます。
QGISでtokyoのコンビニデータ（cvs_jgd2011_9.shp）は読み込み済みとします。
メニュ －＞ プロセッシング －＞ ツールボックス を開きます。
ベクター作成 －＞ グリッド作成 を開きます。
① グリッドタイプで「長方形（ポリゴン）」を選択
② グリッド領域で「レイヤの領域を使う…」を選択
③ 水平・垂直の間隔を500ｍに設定
④ 適当な名前（例：500m_mesh）でシェープファイル（.shp）で保存
「実行」をクリックして、最後にウィンドウを閉じます。
こんな感じで、グリッドレイヤが作成されます。
メッシュ内のポイント数を計算
ポイントが見えていない場合は、レイヤー内でドラッグ・ドロップで順番を入れ替えておきます。
メニュ －＞ ベクタ －＞ 解析ツール －＞ ポリゴン内のポイント数… を選択
パラメータはこんな感じで、ファイルに保存（例：500m_mesh_count.shp)。
「実行」をクリックして、最後にウィンドウを閉じます。
レイヤにカウントが追加されています。右キリックでメニュを出して、属性テーブルを見てみます。
各グリッド内にいくつポイントがあるのか表示されてます。
メッシュ内のポイント数で色分け
今度はカウンターのプロパティを開きます。
「段階に分けらえた」を選択。
カラムは「NUMPOINTS」を選択。
「分類」をクリックすると、シンボルが表示されます。
「適用」をクリックしてOK。
各グリッド内のポイント数が色分けされて表示されます。
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