QGISを使ってみます。
データは国土数値情報の行政区（東京）。
こんな感じで、大島や八丈島、父島、母島、硫黄島なども含むととっても広いです。
必要な地域のみ抜き出してみます。
１：選択して抜き出す
ベクタ －＞ 空間演算ツール －＞ クリップ…
２：範囲を指定してガバッと抜き出す
抜き出し用のポリゴンを作っておきます。
レイヤ －＞ レイヤの作成 －＞ 新規シェープファイルレイヤ…
ジオメトリタイプ －＞ ポリゴンで作成（例えばclipperという名前）
ベクタ －＞ 空間演算ツール －＞ クリップ…
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